O projeto BiodivAMP desenvolveu ferramentas para a monitorização e proteção da biodiversidade em Áreas Marinhas Protegidas (AMP's) ao longo da costa portuguesa, nomeadamente i) um manual de boas práticas para a monitorização, gestão e governança de AMP’s na costa portuguesa, ii) implementou um projeto- piloto para a “Aplicação de um método de monitorização inovador não-invasivo em AMP’s: eDNA como ferramenta na monitorização da Biodiversidade". A iii) disseminação das atividades e resultados do projeto foi um objetivo transversal ao dois objectivos principais, assumindo uma relevância extrema de dar a conhecer ao público em geral a importância das AMP's e de disponibilizar aos stakeholders ferramentas para que possam gerir as AMP's de uma forma mais eficaz e sustentável.

O projeto foi promovido pelo ISPA, CRL. (ISPA; NUTII Lisboa), que teve como entidades parceiras a Associação Natureza Portugal em associação com a World Wide Fund for Nature (ANP|WWF; NUTII Lisboa), o Centro de Ciências do Mar da Universidade do Algarve (NUTII Algarve), a Câmara Municipal de Esposende (NUTII Norte), o Instituto Politécnico de Leiria (NUTII Centro), a Universidade de Évora - CIEMAR (NUTII Alentejo), a empresa Naturalist, Science and Tourism (NUTII Açores) e o Museu Municipal do Funchal (NUTII Madeira). O projeto BiodivAMP contou ainda com o apoio institucional do Instituto para a Conservação da Natureza e das Florestas, I.P. (ICNF) através de uma manifestação de interesse no presente projeto.

O CCMAR coordenou a implementação do projeto piloto de monitorização da biodiversidade em AMPs nacionais com recurso a eDNA metabarcoding.