Desde o ano 2003, o CCMAR tem-se dedicado ao mapeamento de habitats marinhos, uma área de investigação essencial para a implementação de políticas de ordenamento e gestão do espaço marinho. 

Este tipo de estudos tem auxiliado as autoridades locais (Municípios), regionais (Agência Portuguesa do Ambiente do Algarve; Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional do Algarve) e nacionais (Direção Geral Política do Mar, Direção Geral de Recursos Naturais, Segurança e Serviços Marítmos, Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas), Associações de Pescadores e Armadores,  Marinas e Empresas Marítimo-Turísticas, entre outras, no processo de ordenamento do espaço marítimo nacional, com destaque para o Algarve.

Estes estudos têm vindo a mapear habitats prioritários em termos de conservação (diretiva Europeia Habitats e convenção OSPAR), nomeadamente, jardins de corais, pradarias de ervas-marinhas costeiras, bancos de algas calcárias (maerl), florestas de laminárias,  e agregações de esponjas de profundidade.